牛羊養殖過程中一定要做好衛生防疫工作，可以在較大程度上降低各類疫病的發生，保證牛羊的健康及正常生長。
1、糞污及時清理。圈舍內的糞污應及時清理干凈，這是最基本的工作，不可長時間在圈舍內堆積存放，不然會滋生大量細菌、蚊蟲及增加圈舍濕度，糞污清理后應送到離養殖場較遠的地方進行集中堆積發酵處理。
2、加強開窗通風。潮濕的環境更容易滋生致病菌，而且還會讓牛感覺不舒服直接影響采食、休息和生長，因此必須加強開窗通風，以更換新鮮空氣降低圈舍內的濕度和有毒有害氣體的含量，門窗形成空氣對流通風效果才好，必要時可以安裝排風扇加強通風。
3、做好消毒工作。進出車輛、人員一律要進行嚴格消毒，避免致病菌的帶入。養殖環境要定期進行消毒，飼槽、水槽則要定期進行刷洗和消毒，此外消毒藥需要定期進行更換，以免致病菌對消毒藥產生耐藥性。
4、消滅蚊蠅鼠蟲。蚊蠅、老鼠及蟑螂等也是傳播疫病的關鍵，一定要消滅它們才可以。對于蚊蠅可以在門窗安裝紗窗網，傍晚噴灑辛硫磷、敵百蟲等藥物，圈舍內部使用粘蠅紙、滅蚊燈及蠅香等產品進行綜合防治。老鼠則可以下老鼠藥、鼠夾子、捕鼠籠等，不過要注意老鼠藥、鼠夾子一定要放在牛羊接觸不到的地方，以免對牛羊造成誤傷。至于蟑螂則可以用蟑螂藥下在墻縫及潮濕的角落。
5、制定防疫計劃。根據當地疫病流行情況下制定科學有效的防疫計劃，例如牛需要免疫口蹄疫、牛傳染性胸膜肺炎及牛巴氏桿菌病等，羊則需要免疫羊三聯四防、羊痘、羊口瘡、口蹄疫、山羊傳染性胸膜肺炎及小反芻獸疫等。此外每年還應對牛羊驅蟲2~4次，以預防和治療各類寄生蟲病。
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